Hazırda Naxçıvan Dövlət Universitetində 10 fakültə, 1 dekanlıq və 1 mərkəz fəaliyyət göstərir. 80 ixtisas üzrə bakalavr, 79 ixtisaslaşma üzrə magistr, 66 ixtisas üzrə doktorant, 33 ixtisas üzrə rezident hazırlığı həyata keçirilir. Ümumilikdə universitetdə 11 min nəfərdən çox tələbə təhsil alır. Tələbələr sırasında 13 ölkədən 1774 nəfərdən çox əcnəbi tələbə vardır.
Naxçıvan Dövlət Universiteti TEMPUS proqramı üzrə 8 beynəlxalq layihənin iştirakçısıdır. Bundan başqa, Naxçıvan Dövlət Universitetində Erasmus-Mundus proqramı əsasında tələbə mübadiləsi həyata keçirilir. İndiyədək 100-ə yaxın tələbə bu mübadilə proqramı çərçivəsində Avropanın tanınmış universitetlərində təhsil almışlar.
2014-cü ildə Azərbaycandan Kənarda Təhsil Almış Mütəxəssislər təşkilatının (AKTAM) Azərbaycan Respublikası Təhsil Nazirliyinin sifarişi ilə həyata keçirdiyi “Azərbaycanda ali məktəblərin reytinqinin müəyyən edilməsi” layihəsində Naxçivan Dövlət Universiteti 799 balla Azərbaycan Ali Təhsil Müəssisələri içərisində Birinci Yerə layiq görülmüşdür.
Naxçıvan Dövlət Universitetinə “Elmi əsərlər” jurnalı 1997-ci ildən nəşr olunur.
Bu jurnal Azərbaycan Respublikasının Prezidenti yanında Ali Attestasiya Komissiyası tərəfindən nüfuzlu nəşr kimi rəsmi qeydiyyat siyahısına daxil edilmişdir. Eyni zamanda, Naxçıvan Dövlət Universitetinə “Elmi əsərlər” jurnalı bütün seriyaları beynəlxalq standart seriya nömrəsi (ISSN) almışdır.
